ഡോണി വെയ്ൻ ജോൺസൺ ഡിസംബർ 15, 1949, മിസോറിയിലെ ഫ്ലാറ്റ് ക്രീക്കിൽ, ഒരു ബ്യൂട്ടീഷ്യൻ നെൽ (നീ വിൽസൺ) (1933-1975), ഒരു കർഷകനും ഫ്രെഡി വെയ്ൻ ജോൺസൺ (1930-2017) എന്നിവരുടെ മകനായി ജനിച്ചു. ജോൺസൻ്റെ ജനനസമയത്ത്, ജോൺസൻ്റെ അമ്മയ്ക്കും അച്ഛനും യഥാക്രമം 17 ഉം 19 ഉം വയസ്സായിരുന്നു. കൻസാസിലെ വിചിതയിൽ ദാരിദ്ര്യത്തിലാണ് ജോൺസൺ വളർന്നത്, അദ്ദേഹത്തിന് ആറ് വയസ്സുള്ളപ്പോൾ മാതാപിതാക്കൾ അവിടെ താമസം മാറ്റി.
വിചിത സൗത്ത് ഹൈസ്കൂളിൽ നിന്ന് ബിരുദം നേടി, അവിടെ അദ്ദേഹം ഹൈസ്കൂളിലെ നാടക പരിപാടിയിൽ ഏർപ്പെട്ടിരുന്നു. സീനിയറായ അദ്ദേഹം വെസ്റ്റ് സൈഡ് സ്റ്റോറിയിൽ ടോണി എന്ന പ്രധാന കഥാപാത്രത്തെ അവതരിപ്പിച്ചു. ബേൺഡ് കോർക്ക് & മെലഡി, ദി ഹല്ലബലൂ എന്നിവയിൽ അദ്ദേഹം മുമ്പ് പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടിരുന്നുവെന്ന് അദ്ദേഹത്തിൻ്റെ ജീവചരിത്രം രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. 1967-ൽ ഹൈസ്കൂളിൽ നിന്ന് ബിരുദം നേടിയ ശേഷം, അദ്ദേഹം കൻസാസ് യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിൽ തിയറ്റർ മേജറായി ചേർന്നു, പക്ഷേ ഒരു വർഷത്തിനുശേഷം അദ്ദേഹം പഠനം ഉപേക്ഷിച്ചു. അമേരിക്കൻ കൺസർവേറ്ററി തിയേറ്ററിൽ പങ്കെടുക്കുന്നതിനായി അദ്ദേഹം പിന്നീട് കാലിഫോർണിയയിലെ സാൻ ഫ്രാൻസിസ്കോയിലേക്ക് താമസം മാറ്റി.