डॉनी वेन जॉनसन का जन्म 15 दिसंबर, 1949 को फ्लैट क्रीक, मिसौरी में हुआ था। उनके पिता का नाम नेल (नी विल्सन) (1933-1975) था, जो एक ब्यूटीशियन थीं और उनके पिता का नाम फ्रेडी वेन जॉनसन (1930-2017) था, जो एक किसान थे। उनके जन्म के समय जॉनसन के माता-पिता क्रमशः 17 और 19 वर्ष के थे। जॉनसन का पालन-पोषण विचिटा, कंसास में गरीबी में हुआ, जहाँ उनके माता-पिता छह साल की उम्र में चले गए थे।
उन्होंने विचिटा साउथ हाई स्कूल से स्नातक किया, जहाँ वे हाई स्कूल के थिएटर कार्यक्रम में शामिल थे। एक वरिष्ठ के रूप में, उन्होंने वेस्ट साइड स्टोरी में टोनी की मुख्य भूमिका निभाई। उनकी जीवनी में उल्लेख किया गया है कि वे पहले बर्न कॉर्क एंड मेलोडी और द हुलाबालू में दिखाई दिए थे। 1967 में हाई स्कूल से स्नातक होने के बाद, उन्होंने थिएटर प्रमुख के रूप में कैनसस विश्वविद्यालय में दाखिला लिया, लेकिन एक साल बाद ही पढ़ाई छोड़ दी। बाद में वे अमेरिकन कंज़र्वेटरी थिएटर में भाग लेने के लिए सैन फ्रांसिस्को, कैलिफ़ोर्निया चले गए।