وُلِد دوني واين جونسون في 15 ديسمبر 1949 في فلات كريك بولاية ميسوري، لأبوين هما نيل (ني ويلسون) (1933-1975)، خبيرة تجميل، وفريدي واين جونسون (1930-2017)، مزارع. في وقت ولادته، كان والدا جونسون يبلغان من العمر 17 و19 عامًا على التوالي. نشأ جونسون في فقر في ويتشيتا بولاية كانساس، حيث انتقل والداه إلى هناك عندما كان في السادسة من عمره.
تخرج من مدرسة ويتشيتا ساوث الثانوية، حيث شارك في برنامج المسرح بالمدرسة الثانوية. عندما كان في السنة الأخيرة، لعب الدور الرئيسي لشخصية توني في فيلم West Side Story. أشارت سيرته الذاتية إلى أنه ظهر سابقًا في فيلم Burnt Cork & Melody وThe Hullabaloo. بعد تخرجه من المدرسة الثانوية في عام 1967، التحق بجامعة كانساس كتخصص في المسرح، لكنه ترك الدراسة بعد عام واحد. انتقل بعد ذلك إلى سان فرانسيسكو، كاليفورنيا، لحضور مسرح المعهد الموسيقي الأمريكي.